Par ordre d'apparition :
Himura Kenshin :
Héros de l'histoire, il a un passé très tourmenté. Ses parents sont morts du choléra dès son enfance, de plus sa famille adoptive a été assassinée devant ses yeux lors des troubles de la fin de l'ère d'Edo. Il doit la vie à Seijûrô Hiko, maître du Hiten Mitsurugi Ryu. Ce dernier trouve que le prénom de notre héros, Shinta, est trop doux pour un guerrier. Il le renomme, désormais le jeune enfant s'appelle Kenshin. Hiko constatant que Kenshin a un esprit pur lui enseigne son art de tuer. Pourtant Himura part au milieu de son entraînement, voulant à tout prix utiliser la technique que lui a enseigné son maître pour protéger le peuple. Il rejoint les patriotes, plus précisément les Ishin Shishi, dont l'ennemi juré est le Shinsen-Gumi, surnommé aussi les Loups de Mibu. Kenshin devient alors Hitokiri Battôsai, (l'Assassin Légendaire) à l'âge de 14-15 ans (ndwebmaster : si je me trompe écrivez-moi !). C'est durant un assassinat, qu'il reçoit une balaffre à sa joue. Quelques mois plus tard, une femme, Tomoe Yukishiro, lui tranche cette même joue. Ainsi est née sa célèbre cicatrice en forme de croix.
À l'avènement de l'ère Meiji, il devient Rurôni Kenshin (Kenshin le Vagabond), il s'est promis de ne plus tuer. Il ère pendant une dizaine d'années, expiant ses crimes en protégeant la vie et le bonheur des autres avec un sabre à lame inversée. Son esprit est trouble, il doit lutter contre son côté ténébreux pour ne plus redevenir Hitokiri Battôsai.
Enfin lors d'un soir à Tokyo, il rencontre Kaoru Kamiya et se lie d'amitié avec elle. Plus tard, il fait aussi la connaissance de Yahiko Myôjin, de Sanosuke Sagara et de Megumi Takani, qui sont ses meilleurs amis.
Kamiya Kaoru :
Kaoru est experte en kendô malgré son jeune âge (elle a dix-sept ans au début de l'histoire). Kaoru maîtrise à la perfection le Kamiya Kashin Ryu et dirige le dôjô depuis la mort de son père. Un soir, elle fait la rencontre de Kenshin qui lui sauve la vie et décide de séjourner dans chez Kaoru dans le dôjô. Elle tombe amoureuse de Kenshin mais ne lui confie pas ses sentiments. Malgré les apparences, Kaoru a un très mauvais caractère et crie souvent sur ce pauvre Kenshin ^_^x.
Myôjin Yahiko :
Cet enfant de dix ans est fils d'un samourai de Tôkyô, mais ses deux parents sont morts. Il a été recueilli depuis par une bande de yakuza qui l'oblige à voler la bourse des gens pour survivre. Un jour, il vole le porte-monnaie de Kenshin, qui reconnaît sa maturité et son sens de l'honneur. Kenshin aide Yahiko à s'enfuir des yakuza et le nomme disciple à l'école de l'Esprit Vivant de Kaoru. Yahiko possè un don inné pour le kendô. Sa persévérance lui rendra extrêmement fort.
Sagara Sanosuke :
Sanosuke a appartenu au Sekihôtai lors de la fin de l'ère d'Edo. C'est son maître Sôzô Sagara qui lui a permis de se renommer Sagara Sanosuke. Sanosuke, enfant à l'époque, a ensuite vu la tête de son maître, décapité à cause d'une trahison du gouvernement. Depuis il voue une haine sans borne aux patriotes et a dédié sa vie au combat. Sanosuke a acquéri une résistance physique et une force incroyable durant ses combats. Zanza est son surnom à cause de son arme favorite qu'il porte toujours avec lui, le zanbatô. Il rencontre Kenshin et le provoque en combat. Cependant il perd contre lui et décide d'abandonner son surnom Zanza. Depuis, ce jeune homme de dix-neuf ans est devenu l'un des meilleurs amis de Kenshin.
Takani Megumi :
Cette femme vient d'une famille de médecins qui pratiquent leur art depuis des générations à toutes les classes, sans distinction. Sa famille provient du fief d'Aizu. Le père de Megumi est mort sur le champ de la bataille d'Aizu lors de la guerre de Boshin, tandis que sa mère et ses deux frères sont portés disparus. Depuis Megumi vit dans la solitude. Megumi a été l'assistante d'un medecin véreux qui fabriquait de l'opium de synthèse pour un homme appelé Kanryû. La connaissance de la formule de cette drogue a entraîné sa "captivité". Kanryû lui a bien entendu forcé à fabriquer cette drogue pour lui. Un jour elle s'enfuit et trouve l'aide de Kenshin. Femme très féminine, Megumi est complétement à opposée de Kaoru. Pourtant un seul point commun réside entre ces deux femmes, elles aiment le même homme.
Shinomori Aoshi :
Aoshi est devenu l'Okashira à l'âge de quinze ans, c'est à dire le chef des Oniwanban Shû. Ce groupe, composé de ninja et d'espions, protégeait le Shôgun et les grands seigeneurs. Obsédé de devenir l'homme le plus fort du Japon, Aoshi et plusieurs de ses plus fidèles membres se sont alliés avec Kanryû pour avoir toujours plus de combats. Aoshi trouve d'ailleurs grâce à Kanryû le combat de sa vie, contre le Hitokiri Battôsai.
Hajime Saitô :
Ex-capitaine de la troisième division du Shinsen-Gumi, Saitô s'est reconverti en policier et se nomme désormais Fujita Goro. Comme la plupart des membres du Shinsen-Gumi, il est un Loup de Mibu, connu pour sa férocité. Saitô connaît parfaitement Battôsai, puisqu'ils se sont affrontés de nombreuses fois lors du Bakumatsu. Saitô retrouve Kenshin dix ans après dans le dôjô de Kaoru. Kenshin reste son ennemi juré malgré la fin de la guerre civile.
Makimachi Misao :
Cette jeune fille, à la fois voleuse et ninja, rencontre Kenshin le vagabond lors de son voyage vers Kyôto. Misao ère dans les routes pour retrouver Aoshi Shinomori et ses hommes. Malgré son âge, elle appartient au groupe d'Oniwaban Shû, et est spécialisée dans l'art martial.
Yukishiro Tomoe :
Tomoe vient d'une famille bourgeoise, et est promise à Shigekura Ubei, vice-gouverneur de Kyôto. Cependant ce dernier est assassiné par Hitokiri Battôsai. Tomoe pour venger la mort de son bien-aimé, infiltre les Ishin Shishi pour le compte du Shinsen-Gumi et parvient à être aux côtés de Kenshin. Pourtant c'est bien avec cet homme, qui lui a volé son bonheur, que Tomoe trouvera un nouvel amour. Tomoe, dont la rancœur et la souffrance sont immenses, s'interpose, lors d'un combat, entre Kenshin, à moitié sourd et aveugle, et son adversaire, un membre du Shinsen-Gumi. Tomoe, en signe d'adieu, tranche la joue de Kenshin, sur la cicatrice qu'a fait Shigekura.
Yukishiro Enishi :
Enishi est le jeune frère de Tomoe. Après avoir appris la mort du futur mari de sa sœur, assassiné par Battôsai, Enishi possède une haine farouche contre cet assassin. De plus, il assiste à la mort de Tomoe. Depuis ce jour, Enishi attend sa vengeance avec impatience.